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                遗传发育所开发高质量基因组组装软件

                2019-12-02 遗传与发育生物学研究所
                【字体:

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                  1125日,中国江苏快三开奖最大遗漏数据彩神8平台院遗传与发育生物学研究所梁承志研究组开发的高质快三正规官网app量基因组组装软件HERA在《自然-通讯》在线发表(Nature Communications,DOI:10.1038/s41467-019-13355-3)。论文【题目为Assembly of chromosome-scale contigs by efficiently resolving repetitive sequences with long reads

                  高质量基因组序列对于研究一个物种基因【组的结构、功能、进化、基因定位和克隆等都至关重要。目前单分子测快三平台幕后序技术的发展,已使得构建【高质量基因组草图越来越容易。然而,这些草图序列仍然存在着由于组装◢序列ζ 碎片化而导致的多种错误,比如不完整的基因序列、排列到染色体上之后的上海快三片段遗漏、排列顺序错误和河北快三一定牛走势图方向错误等。这些★错误对于利用这些基因组所做的很多研究会造成不便或误导。

                  中国彩神8平台院遗传与发育生物学研究所梁承志组多年⊙来通过结合单分子测序快三河北今天走势图和光学图谱及HiC等∏技术构建高质量基因组,已完成多个植物基因组的组装。最近在前期工作的基础上开发〓了一个利用单分子测序长片段进行基因组复杂区幸运快三技巧域组装的新方法HERA。在现有软件江苏快三开奖结果今天所有组装的基础上↓,HERA能够大大改进基因组序列ζ的连续性并减少了组装河北快三的结果错误№。通过对水稻基因组进行测试发现,HERA将水稻中的绝大部分重复有没有正规的快三平台序列包括复杂的长串联重江苏快三计划官网复序列都正确地组装了出来。在玉米、苦荞和人基因组中与已发表版本▆进行对比,玉米的Contig N501.3 Mb提升至61.2Mb,人的Contig N508.3 MB提升至54.4 MB,苦荞基因组Contig N50达到了27.85 Mb。在玉米B73参考基因组中填补了大〓量以前没有组ㄨ装出的序列■,校正江苏快三投注平台了多处染色体上序列位置或方向错误,并◤增加了一些以前丢失的多个重要基因。苦荞中→全基因组8条染色体共卐只由20Contig组成,其中一条染色体是一个Contig,展示了利用现有常规技术条件构建几乎幸运快3稳赚公式完整的基因组的潜力。HERA跟已有基因组组装软件CANU等非常互♀补,预期二者的整合将会产生新的软件,大大提高基因组组♀装的效率。目前,由于单分子测序价幸运快三计划格的下降,组装一个与日本晴¤质量相当或更好的水稻参考基因组的成本已降到了3万元以下。结合单分子测序、BioNanoHi-C数据,目前可以很低的成本得「到绝大多数物种的高质量参考基因组。对于功能基因组⌒ 研究来说,高质量基因组序列的获取已不再是一个瓶颈,这预示着后基Ψ因组时代在多数物种中的全面︾到来。

                  论文幸运快三官网开奖号码第一作者为梁承志研究组博士生杜会龙,通幸运快三投注规律讯作者为梁承志。软一分钟一期的快三平台件开发得到基因组分析平台的大力支ω 持和帮助。该研究得到中科院战略性先导科技专项(A)“分子模块㊣ 设计育种创新体系”等的资助。

                  论文链接

                  图a: HERA组装基因组跟玉米参考基因组B73 RefGen_v4的比较。全基因组中序列安徽福彩快三开奖查询缺口由2523个减少■到了76个。图b: 玉米参考基因组中缺失或多余的↙序列(上图)经HERA改进后(下图)被正确地▆填补或移除。

                打印 责任编辑:叶瑞优

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